Алексей Малашенко в 1995 году защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора исторических наук по теме «Феномен ислама в политической жизни СССР/СНГ».

Был членом научного совета, председателем программы «Религия, общество и безопасность» в Московском центре Карнеги, руководителем сетевого межрегионального проекта ИНО-центр (информация, наука, образование) «Ислам в России». Член экспертного совета РИА «Новости», член редакционной коллегии журналов «Центральная Азия и Кавказ» и «Вестник Евразии», член редакционной коллегии бюллетеня «Россия и мусульманский мир». С октября 2016 года — руководитель исследований в институте «Диалог цивилизаций».

Профессор Малашенко — один из ведущих экспертов по проблемам ислама, востоковед, политолог. Он является автором и редактором многочисленных книг на русском, английском, французском и арабском языках, среди которых Islam in Central Asia, «Время Юга» (с Дмитрием Трениным), «Исламская альтернатива и исламистский проект», «Ислам для России», «Мой ислам».

Исследовательский институт «Диалог цивилизаций» был открыт 1 июля 2016 года, это международная независимая негосударственная организация, занимающаяся изучением вопросов международных отношений, содействием повышению международной безопасности. Декларируемая цель деятельности института — выработка рекомендаций в сфере предотвращения развития конфликтов и снижения напряженности в мире. Штаб-квартира Института расположена в Берлине, в Москве работает офис представительства.

Легко ли быть мусульманином в России? Кто мутит воду на Северном Кавказе? При каких условиях наступит мир в Сирии?

Задавайте свои вопросы Алексею Малашенко здесь и сейчас!
Автор лучшего вопроса будет удостоен приза